邵强 教授 博士 研究领域: 新材料,石油炼制,石油化工,精细化工,生物医药 研究方向: 计算生物学、药物设计 所在单位: 中国科学院上海药物研究所

基本信息

所在单位:
中国科学院上海药物研究所
单位类型:
科研机构
职称:
教授
最高学历:
博士
教育经历:
1995/08-1999/06   南京大学学士学位(化学工程)
1999/08-2003/06   南京大学研究生毕业(高分子化学)
2003/08-2004/05   College of William & Mary (Virginia, USA) 硕士学位(高分子化学)
2004/08-2009/12   Texas A&M University (Texas, USA) 博士学位 (化学)
工作经历:
2010/01-2011/10   北京大学化学与分子工程学院   博士后
2011/10-2020/10   中科院上海药物研究所              副研究员
2020/10-至今         中科院上海药物研究所             研究员
专家介绍:
本人致力于运用化学和计算等交叉学科方法,开发可以广泛使用的计算模拟方法,在蛋白质科学、药物设计等领域进行基础性和创新性研究。

1)针对药物靶标蛋白质的动态功能性构象变化、构象搜寻以及靶标蛋白-药物的结合自由能预测开发了一系列增强取样的分子模拟、量化计算方法以及优化的分子力场,来显著减少复杂体系的计算时间,提高计算精度,拓展计算模拟在生物领域的应用范畴。发展的方法包括分配型温度积分取样法(P-ITS)、正则模式分析-伞状取样分子模拟方法(NUMD)、高斯偏执加速动力学方法(GbAMD)以及蛋白质、小分子的可极化电荷力场参数QMPC,等等。

2)通过自主研发的方法,针对多个重大疾病相关的靶标蛋白体系,揭示其结构与功能,开展基于结构的药物发现与设计研究。研究体系包括新冠病毒3CLpro蛋白酶、EGFR蛋白、膜转运蛋白P-gp、B-RAF激酶、GPCR蛋白,等等。

在Nature Communications、PNAS、Journal of Chemical Theory and Computation等杂志上发表研究论文共70余篇。其中第一或通讯作者论文40余篇(发表于中科院二区及以上杂志的35篇)。目前主持自然科学面上项目1项,结题面上项目及青年基金各1项,此外作为技术骨干参与科技部“973计划”项目2项以及国家重点研发计划1项。应邀为多个SCI杂志审稿(JCTC、Bioinformatics、PCCP、Biochemistry、JPCB、JCP、Sci. Rep.、RSC Adv.、J. Mol. Liq.等),在多个大会报告上作邀请报告。

科研能力

研究领域:
新材料,石油炼制,石油化工,精细化工,生物医药
研究方向:
计算生物学、药物设计
中文标签:
分子模拟;增强抽样;温度积分抽样;蛋白质折叠
英文标签:
Proteins;Crystal Structure;Backward Walking;Chemomechanical Coupling;N4 Site Dna Recognition;Jak-stat Pathway;Innate Immunity;Stat6;Antiviral;Molecular Biophysics
论文著作:
1. Enhanced Sampling in Molecular Dynamics.
Yi Isaac Yang; Qiang Shao; Jun Zhang; Lijiang Yang; Yi Qin Gao
The Journal of Chemical Physics, 2019

2. Identification of Pyrogallol As a Warhead in Design of Covalent Inhibitors for the SARS-CoV-2 3CL Protease
Haixia Su; Sheng Yao; Wenfeng Zhao; Yumin Zhang; Jia Liu; Qiang Shao; Qingxing Wang; Minjun Li; Hang Xie; Weijuan Shang; Changqiang Ke; Lu Feng; Xiangrui Jiang; Jingshan Shen; Gengfu Xiao
Nature Communications, 2021

3. Structural Basis for Chemokine Recognition and Receptor Activation of Chemokine Receptor CCR5
Hui Zhang; Kun Chen; Qiuxiang Tan; Qiang Shao; Shuo Han; Chenhui Zhang; Cuiying Yi; Xiaojing Chu; Ya Zhu; Yechun Xu; Qiang Zhao; Beili Wu
Nature Communications, 2021

4. Methanol Strengthens Hydrogen Bonds and Weakens Hydrophobic Interactions in Proteins - A Combined Molecular Dynamics and Nmr Study
Soyoun Hwang; Qiang Shao; Howard Williams; Christian Hilty; Yi Qin Gao
The Journal of Physical Chemistry B, 2011

5. What Coronavirus 3c‐like Protease Tells Us: from Structure, Substrate Selectivity, to Inhibitor Design
Muya Xiong; Haixia Su; Wenfeng Zhao; Hang Xie; Qiang Shao; Yechun Xu
MEDICINAL RESEARCH REVIEWS, 2021

6. On the Hand-Over-Hand Mechanism of Kinesin
Qiang Shao; Yi Qin Gao
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA, 2006

7. On the Influence of Hydrated Imidazolium-Based Ionic Liquid on Protein Structure Stability: a Molecular Dynamics Simulation Study.
Qiang Shao
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2013

8. From Protein Denaturant to Protectant: Comparative Molecular Dynamics Study of Alcohol/protein Interactions
Qiang Shao; Yubo Fan; Lijiang Yang; Yi Qin Gao
JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS, 2012

9. From Thermodynamics to Kinetics: Enhanced Sampling of Rare Events
Lijiang Yang; Cheng-Wen Liu; Qiang Shao; Jun Zhang; Yi Qin Gao
ACCOUNTS OF CHEMICAL RESEARCH, 2015

10. Thermodynamics and Folding Pathways of Trpzip2: an Accelerated Molecular Dynamics Simulation Study.
Lijiang Yang; Qiang Shao; Yi Qin Gao
The Journal of Physical Chemistry B, 2008
发明专利:
1. 提高肉鸡生长免疫性能的饲料添加剂、制备方法及应用
浙江大学
王友明; 姚中磊; 王迎松; 邵强; 龚杜明; 施明华; 周金伟; 沈天坤; 卜宏泉
公开日期: 2014-03-26 申请日期: 2013-12-04 公开号: CN103652442A

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