徐峻 教授 博士 研究领域: 新材料,石油炼制,石油化工,精细化工,生物医药 研究方向: 药物化学/药物设计/化学信息学/中药现代化/图论算法 所在单位: 中山大学

基本信息

所在单位:
中山大学
机构细分:
药学院药物分子设计研究中心
单位类型:
高等院校
职称:
教授
最高学历:
博士
教育经历:
1983.09-1986.09 中国科学技术大学近代化学系 硕士研究生
1986.09-1990.04 中国科学技术大学近代化学系 博士研究生
工作经历:
1990.04-1991.10 澳大利亚国立大学(ANU)化学研究院(RSC)博士后
1991.10-1993.03 加拿大蒙特利尔麦基尔大学化学系博士后
1993.03-1994.03 美国TRIPOS分子设计公司资深科学家
1994.03-1998.03 BIO-RAD萨特勒波谱学研究所(Sadtler Laboratories) 研究开发部总监
1998.03-2002.02 德国Boehringer Ingelheim制药公司药物设计主管兼主管科学家
2002.02-2009.03 美国BioFocusDPI制药公司药物设计总监和 Fellow
2009.03-至今       中山大学教授,中山大学药物分子设计研究中心创始主任、英国皇家化学会会士(FRSC)
专家介绍:
研究领域横跨药学、化学和信息科学。长期在科研和教学第一线上从事药物发现实验研究和药物分子设计方法学原创理论和方法研究, 以第一或通讯作者在本领域国际主流学术杂志上发表文章120多篇。自上世纪80年代末发表图映射/子图匹配/超图匹配统一算法以来,几十年如一地坚持发展药物分子设计学原创理论和方法, 并运用这些理论和方法发现了抗甲流病毒的创新中药、抗EBV病毒天然产物先导化合物、抗骨质疏松first-in-class原创化学先导化合物(已转让,并进入临床前研究)、抗脑胶质瘤新靶标先导化合物(已转让),重要科学成果如下:

• 90年代:分子图识别算法GMA(Jun Xu*, GMA: A Generic Match Algorithm for structural Homorphism, Isomorphism, Maximal Common Substructure Match and Its Applications, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36: 25-34), 文中包括4个新图论定理、8个新图论算法,成为国际主流关系式化学结构数据库(RS3, Accelrys公司产品)的检索引擎。

• 90年代:解析蛋白质多维多量子NMR谱的模糊图算法CPA(Jun Xu* and Bryan C. Sanctuary, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1993, 33(3): 490-500),成为国际主要分子设计软件公司Tripos的蛋白质结构解析软件产品Capri

• 2000年代:巨量分子图簇分类算法SCA(Jun Xu*, JMC, 2002, 45, 5311-5320)

• 2000年代:化学结构划分算法,被称为SCA-plot(Jun Xu* and J. Stevenson, y, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2000, 40(3): 1177-1187.)

• 2010年代:基于药物分子三维结构叠合的相似度并行算法WEGA(Xin Yan, Jiabo Li*, Zhihong Liu, Minghao Zheng, Hu Ge, Jun Xu*, JCIM, 2013, 53(8):1967–1978),获中国和美国专利

• 2019年:基于化学基元的药物分子设计学原创理论(Chao Zhao, ..., Qiong Gu*, Jun Xu*, JMC, 2019, 62(12), 5885-5900),基于本理论发现的抗骨质疏松先导化合物已经转让深圳三启药业,进入临床前研究

• 2017年:药物分子化学基元从头生成算法DSGA(He Peng, ..., Jian Ren*,Jun Xu*, Scientific Reports, 2017, 77: 11121-11138)

• 2019年:基于句法模式识别的人工智能药物设计算法(Shuangjia Zheng, ... Jun Xu*, JCIM, 2019, 59, 2, 914-923)

• 2019年:基于拓扑图卷积和注意力机制的人工智能药物设计算法(Xiuming Li, ... Jun Xu*. JCIM, 2019, 59, 1044-1049)。 

• 2020年:基于人工智能循环神经网络-自专注机制的药物分子合成反应可行性算法(Su, S., ... Jun Xu*, J. Chem. Inf. Model., Published Feb 3, 2020)

• 2020年:基于深度学习方法的药物-蛋白质相互作用预测算法(Shuangjia Zheng, ... Jun Xu* and Yuedong Yang*, Nature Intelligence, 2020, 2, 134-140)

• 2020年:基于深度学习方法的药物设计算法(Yuyao Yang, ... Jun Xu* and Hongming Chen*, Chemical Science, 2020. 11, 8312-8322)

科研能力

研究领域:
新材料,石油炼制,石油化工,精细化工,生物医药
研究方向:
药物化学/药物设计/化学信息学/中药现代化/图论算法
中文标签:
药物靶标;活血;中药;芹菜素;大黄素;非确定性化学结构;星点设计;虎杖;递进式药物筛选;生物化学代谢反应网络
英文标签:
X-ray Crystallography;Nf-kappa B;Rankl;Molecular Docking;Obesity;Virtual Screening;Humanities And Social Sciences;Science;Multidisciplinary;Osteoclastogenesis
论文著作:
1. The Biosynthetic Gene Cluster of the Maytansinoid Antitumor Agent Ansamitocin from Actinosynnema Pretiosum
TW Yu; LQ Bai; D Clade; D Hoffmann; S Toelzer; KQ Trinh; J Xu; SJ Moss; E Leistner; HG Floss
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2002

2. Chemoinformatics and Drug Discovery
J Xu; A Hagler
MOLECULES, 2002

3. Inhibiting Ferroptosis Through Disrupting the NCOA4–FTH1 Interaction: A New Mechanism of Action
Yuying Fang; Xiucai Chen; Qingyun Tan; Huihao Zhou; Jun Xu; Qiong Gu
ACS CENTRAL SCIENCE, 2021

4. Predicting Drug–protein Interaction Using Quasi-Visual Question Answering System
Shuangjia Zheng; Yongjian Li; Sheng Chen; Jun Xu; Yuedong Yang
Nature Machine Intelligence, 2020

5. Predicting Retrosynthetic Reaction Using Self-Corrected Transformer Neural Networks
Shuangjia Zheng; Jiahua Rao; Zhongyue Zhang; Jun Xu; Yuedong Yang
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING, 2020

6. Predicting drug-protein interaction using quasi-visual question answering system (Feb, 10.1038/s42256-020-0152-y, 2020)
Shuangjia Zheng; Yongjian Li; Sheng Chen; Jun Xu; Yuedong Yang
NATURE MACHINE INTELLIGENCE, 2020

7. Publisher Correction: Predicting Drug–protein Interaction Using Quasi-Visual Question Answering System
Shuangjia Zheng; Yongjian Li; Sheng Chen; Jun Xu; Yuedong Yang
Nat Mach Intell, 2020

8. Drug-like Index: a New Approach to Measure Drug-Like Compounds and Their Diversity.
J Xu; J Stevenson
JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND COMPUTER SCIENCES, 2000

9. 3-(7-Azaindolyl)-4-arylmaleimides As Potent, Selective Inhibitors of Glycogen Synthase Kinase-3
HC Zhang; H Ye; BR Conway; CK Derian; MF Addo; GH Kuo; LR Hecker; DR Croll; J Li; L Westover; JZ Xu; R Look; KT Demarest; P Andrade-Gordon; BP Damiano
ChemInform, 2004

10. From Monoclonal Antibodies to Small Molecules: the Development of Inhibitors Targeting the PD-1/PD-L1 Pathway
Mei-Miao Zhan; Xue-Qin Hu; Xiu-Xiu Liu; Ban-Feng Ruan; Jun Xu; Chenzhong Liao
Drug discovery today, 2016
发明专利:
1. 一种芳酰胺类化合物及其制备方法和应用
中山大学
周晖皓; 罗志腾; 郝梦娇; 顾琼; 徐峻
公开日期: 2024-02-13 申请日期: 2023-11-22 公开号: CN117551083A

2. 多烯炔类化合物及其制备方法和应用
中山大学
顾琼; 胡晨; 张毓婷; 孙喆君; 徐峻
公开日期: 2024-02-02 申请日期: 2021-12-23 公开号: CN114349723B

3. 一种苯并咪唑类化合物在制备抗白血病药物中的应用
中山大学
顾琼; 徐峻
公开日期: 2023-12-05 申请日期: 2023-08-24 公开号: CN117159548A

4. 倍半萜类化合物在制备预防和/或治疗肺纤维化的药物中的应用
中山大学
顾琼; 徐峻
公开日期: 2023-09-29 申请日期: 2023-06-29 公开号: CN116808008A

5. 多烯炔类化合物在制备预防和/或治疗肺纤维化的药物中的应用
中山大学
郝梦娇; 徐峻; 顾琼
公开日期: 2023-08-25 申请日期: 2023-05-29 公开号: CN116637103A

6. 一种苯并咪唑类化合物在制备抗结核药中的应用
中山大学
顾琼; 陈心春; 代友超; 徐峻
公开日期: 2023-05-09 申请日期: 2022-09-22 公开号: CN116077498A

7. 葡萄糖多酚酸酯类衍生物在制备异亮氨酰tRNA合成酶抑制剂中的应用
SUN YAT-SEN UNIVERSITY
XU JUN; JIANG LILI; ZHOU HUIHAO; GU QIONG
公开日期: 2023-02-07 申请日期: 2021-04-07 公开号: CN113181195B

8. 噻唑苯甲酰胺衍生物及其在制备抗骨质疏松药物中的应用
中山大学
顾琼; 徐峻; 黄丹娥; 赵超
公开日期: 2022-03-01 申请日期: 2018-12-28 公开号: CN114105902A

9. 一种野菊花提取物及其制备方法和在制备治疗鼻咽癌药物中的应用
中山大学
程燕芳; 徐峻; 顾琼
公开日期: 2022-02-22 申请日期: 2018-12-21 公开号: CN110343116B

10. 一种DNA促旋酶的药物结合口袋及其应用
中山大学
周晖皓; 黄晓杰; 郭俊松; 顾琼; 徐峻
公开日期: 2021-11-05 申请日期: 2018-03-09 公开号: CN108504647B

11. 铷盐及铷盐溶液在制备延长寿命和/或抗衰老产品中的应用
SUN YAT-SEN UNIVERSITY
XU JUN; HAO MENGJIAO; ZHANG ZHIKANG
公开日期: 2021-08-27 申请日期: 2021-04-23 公开号: CN113303476A

12. 一种三氮唑类衍生物及其制备方法和应用
SUN YAT-SEN UNIVERSITY
ZHAO CHAO; XU JUN; GU QIONG
公开日期: 2021-07-16 申请日期: 2021-02-24 公开号: CN113121517A

13. 孕甾烷衍生物在制备破骨细胞分化抑制剂中的应用
广东省微生物研究所(广东省微生物分析检测中心); 中山大学
刘志红; 黄丹娥; 徐峻; 谢黎炜; 顾琼; 郑双佳; 许国焕; 韩木兰
公开日期: 2020-09-22 申请日期: 2020-06-08 公开号: CN111686116A

14. 生物碱在制备破骨细胞分化抑制剂中的应用
广东省微生物研究所(广东省微生物分析检测中心); 中山大学
刘志红; 黄丹娥; 徐峻; 谢黎炜; 顾琼; 郑双佳; 许国焕; 韩木兰
公开日期: 2020-09-15 申请日期: 2020-06-12 公开号: CN111658649A

15. 香草木宁碱在制备破骨细胞分化抑制剂中的应用
广东省微生物研究所(广东省微生物分析检测中心); 中山大学
刘志红; 黄丹娥; 徐峻; 谢黎炜; 顾琼; 郑双佳; 许国焕; 韩木兰
公开日期: 2020-08-07 申请日期: 2020-06-12 公开号: CN111494374A

16. 基于三维子结构的药物分子比较方法
广州市爱菩新医药科技有限公司
徐峻; 利秀明; 严鑫
公开日期: 2020-05-05 申请日期: 2017-09-20 公开号: CN107657146B

17. 一种含野菊花提取物的抗糖尿病药物
中山大学
徐峻; 李婵娟; 顾琼
公开日期: 2019-12-20 申请日期: 2015-07-17 公开号: CN106692125B

18. 一种含野菊花提取物的抗肥胖药物
中山大学
徐峻; 李婵娟; 顾琼
公开日期: 2019-12-20 申请日期: 2015-07-17 公开号: CN106333981B

19. 一种三白草提取物及其在制备抗肿瘤药物中的应用
中山大学
顾琼; 徐峻; 程燕芳; 蒋富强
公开日期: 2019-08-30 申请日期: 2019-03-27 公开号: CN110179882A

20. 噻唑苯甲酰胺衍生在制备抗骨质疏松、抗骨关节炎药物中的应用
中山大学
黄丹娥; 赵超; 顾琼; 徐峻
公开日期: 2019-05-10 申请日期: 2018-12-28 公开号: CN109730999A
科研项目:
1. 降血脂中药复方的多靶标作用机制研究
立项时间: 2012-2015 项目经费:550000

2. 基于配体-靶标网络的抗2型糖尿病药物设计新方法研究
立项时间: 2015-2018 项目经费:700000

3. 抗骨质疏松双功能先导化合物的活性优化
立项时间: 2019-2020

项目合作

合作意向:
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