专家介绍:
研究领域横跨药学、化学和信息科学。长期在科研和教学第一线上从事药物发现实验研究和药物分子设计方法学原创理论和方法研究, 以第一或通讯作者在本领域国际主流学术杂志上发表文章120多篇。自上世纪80年代末发表图映射/子图匹配/超图匹配统一算法以来,几十年如一地坚持发展药物分子设计学原创理论和方法, 并运用这些理论和方法发现了抗甲流病毒的创新中药、抗EBV病毒天然产物先导化合物、抗骨质疏松first-in-class原创化学先导化合物(已转让,并进入临床前研究)、抗脑胶质瘤新靶标先导化合物(已转让),重要科学成果如下:
• 90年代:分子图识别算法GMA(Jun Xu*, GMA: A Generic Match Algorithm for structural Homorphism, Isomorphism, Maximal Common Substructure Match and Its Applications, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1996, 36: 25-34), 文中包括4个新图论定理、8个新图论算法,成为国际主流关系式化学结构数据库(RS3, Accelrys公司产品)的检索引擎。
• 90年代:解析蛋白质多维多量子NMR谱的模糊图算法CPA(Jun Xu* and Bryan C. Sanctuary, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 1993, 33(3): 490-500),成为国际主要分子设计软件公司Tripos的蛋白质结构解析软件产品Capri
• 2000年代:巨量分子图簇分类算法SCA(Jun Xu*, JMC, 2002, 45, 5311-5320)
• 2000年代:化学结构划分算法,被称为SCA-plot(Jun Xu* and J. Stevenson, y, J. Chem. Inf. Comput. Sci., 2000, 40(3): 1177-1187.)
• 2010年代:基于药物分子三维结构叠合的相似度并行算法WEGA(Xin Yan, Jiabo Li*, Zhihong Liu, Minghao Zheng, Hu Ge, Jun Xu*, JCIM, 2013, 53(8):1967–1978),获中国和美国专利
• 2019年:基于化学基元的药物分子设计学原创理论(Chao Zhao, ..., Qiong Gu*, Jun Xu*, JMC, 2019, 62(12), 5885-5900),基于本理论发现的抗骨质疏松先导化合物已经转让深圳三启药业,进入临床前研究
• 2017年:药物分子化学基元从头生成算法DSGA(He Peng, ..., Jian Ren*,Jun Xu*, Scientific Reports, 2017, 77: 11121-11138)
• 2019年:基于句法模式识别的人工智能药物设计算法(Shuangjia Zheng, ... Jun Xu*, JCIM, 2019, 59, 2, 914-923)
• 2019年:基于拓扑图卷积和注意力机制的人工智能药物设计算法(Xiuming Li, ... Jun Xu*. JCIM, 2019, 59, 1044-1049)。
• 2020年:基于人工智能循环神经网络-自专注机制的药物分子合成反应可行性算法(Su, S., ... Jun Xu*, J. Chem. Inf. Model., Published Feb 3, 2020)
• 2020年:基于深度学习方法的药物-蛋白质相互作用预测算法(Shuangjia Zheng, ... Jun Xu* and Yuedong Yang*, Nature Intelligence, 2020, 2, 134-140)
• 2020年:基于深度学习方法的药物设计算法(Yuyao Yang, ... Jun Xu* and Hongming Chen*, Chemical Science, 2020. 11, 8312-8322)