生物医药

（1）微量/单细胞样本前处理材料、技术及相关仪器的创制
（2）基于LC-MS的单细胞/空间多维度多组学分析
（3）细胞外囊泡（EV）分离富集技术，以及参与细胞间通讯的配体-受体细胞蛋白质组深度覆盖精准解析

(1) Yingyun He#,Xinxin Liu#, Fengjiao Zhu,Zhongpeng Dai,Xiao Li,Linmei Li,Baofeng Zhao,Huiming Yuan*,Yao Lu，Zhen Liang,Yukui Zhang,Lihua Zhang*. Single-Cell Secretome Profiling Enabled by Selective Enrichment and NanoLC-MS/MS Analysis. Angew. Chem. Int. Ed. 2025,64,e202417351.
(2) Guoshan Hou#,Yilan Li#,Xulian Cui,Baofeng Zhao,Lukuan Liu,Yukui Zhang, Huiming Yuan*,Lihua Zhang*. Electric Field Assisted Tangential Flow Filtration Device for Highly Effective Isolation of Bioactive Small Extracellular Vesicles from Cell Culture Medium. Anal. Chem. 2024, 96,13345−13351.
(3) Yingyun He,Huiming Yuan*,Yu Liang,Xinxin Liu,Xiaozhe Zhang,Yahui Ji,Baofeng Zhao,Kaiguang Yang,Jue Zhang,Shen Zhang,Yukui Zhang,Lihua Zhang*. On-capillary alkylation micro-reactor: A facile strategy for proteo-metabolome profiling in the same single cells. Chem. Sci. 2023,14,13495-13502.
(4) Yilan Li,Huiming Yuan*,Mengchun Cheng,Xudong Zhu,Kaiguang Yang,Weijie Zhang,Zhigang Sui,Chunyu Zhang*,Lihua Zhang*,Yukui Zhang. Solid-phase alkylation: a low-loss and anti-interference sample preparation strategy for low-input proteome profiling. Sci. Bull. 2022,67,1628-1631.
(5) Yilan Li#,Kaiguang Yang#,Huiming Yuan*,Weijie Zhang,Zhigang Sui,Nan Wang,Hongli Lin,Lihua Zhang*,Yukui Zhang. Surface nanosieving polyether sulfone particles with grapheme oxide encapsulation for the negative isolation toward extracellular vesicles. Anal. Chem. 2021,93,16835-16844.
(6) Huiming Yuan*,Zhongpeng Dai,Baofeng Zhao,Hongwei Chu,Lihua Zhang*,Yukui Zhang. Fully automated sample treatment method for high throughput proteome analysis. Sci. China. Chem. 2021,64,313-321.
(7) Yilan Li,Huiming Yuan*,Zhongpeng Dai,Weijie Zhang,Xiaodan Zhang,Baofeng Zhao,Zhen Liang,Lihua Zhang*,Yukui Zhang,Integrated Proteomic Sample Preparation with Combination of On-line High-abundance Protein Depletion,Denaturation,Reduction,Desalting and Digestion to Achieve High Throughput Plasma Proteome Quantification. Anal. Chim. Acta,2021,1154,338343.
(8) Qiong Wu,Baofeng Zhao,Yejing Weng,Yichu Shan,Xiao Li,Yechen Hu,Zhen Liang,Huiming Yuan*,Lihua Zhang*,Yukui Zhang. Site-specific quantification of persulfidome by combining an isotope-code affinity tag with strong cation-exchange-based fractionation. Anal. Chem. 2019,91,14860-14864.
(9) Huiming Yuan,Bo Jiang,Baofeng Zhao,Lihua Zhang*,Yukui Zhang. Recent advances in multidimensional separation for proteome analysis. Anal. Chem. 2019,91,264-276.
(10) Huiming Yuan#,Shen Zhang#,Baofeng Zhao,Yejing Weng,Xudong Zhu,Shenwu Li,Lihua Zhang,Yukui Zhang. Enzymatic Reactor with Trypsin Immobilized on Graphene Oxide Modified Polymer Microspheres to Achieve Automated Proteome Quantification. Anal. Chem. 2017,89,6324-6329.

（1）国家重点研发计划课题（2024YFC3405401）， 多维度单细胞与空间蛋白质组分析技术，2024-2027，在研，课题负责人
（2）国家重大科学仪器与设备开发专项课题（2012YQ12004402），在线蛋白质预处理系统，2012-2017，结题，课题负责人
（3）国家自然科学基金面上项目（21974136），基于液质联用的单细胞分泌蛋白质组定量分析新方法，2020-2023，结题，项目负责人
（4）国家自然科学基金面上项目（22374146），面向移植胚胎无创质量评估的细胞外囊泡蛋白质组-代谢组分析新方法， 2024-2027, 在研，项目负责人
（5）国家自然科学基金青年项目（21105009），用于膜蛋白质组样品高通量预处理的串级膜接口与平行酶反应器的集成化方法研究，2012-2014，结题，项目负责人
（6）国家重点研发计划课题（2017YFA0505002）基于高效标记和特征肽段的蛋白质组精准定量技术,2017-2022，结题，子课题负责人
（7）国家重点研发计划课题（2018YFC0910202）蛋白组学数据质量控制关键技术研发与应用示范，2018-2020，结题，子课题负责人
（8）辽宁省应用基础研究计划（2023JH2/101300126），基于肺泡灌洗液外泌体的早期肺癌体外诊断标志物筛选及应用，2023-2024，在研，项目负责人
（9）大连化物所创新研究基金（DICP I202143）面向临床应用的干细胞外泌体膜法规模化制备及质量评价体系研究，2022-2023，结题，项目负责人
（10）国家自然科学基金委重大项目（21991083），细胞中重要调控蛋白质的发现和原位相互作用的分析新方法，2020-2024，结题，项目骨干